BANKSİS’in kökleri, 12 Eylül 1980 öncesi Akbank’ta örgütlü Akmen ile Töbank’ta örgütlü Töbank-Sen (Tüm-Bank-İş) adlı iki bağımsız sendikadan oluşmaktadır.
12 Eylül Askeri Darbesine kadar faaliyetlerini işyeri sendikacılığı şeklinde sürdürürken 12 Eylül darbesi sonucunda tüm sendikal faaliyetlerde olduğu gibi her iki sendikamızın faaliyetleri de askıya alınmıştır.
Yine bu ara dönemde çalışmaları durdurulan sendikaların yetkileri ve toplu sözleşmeleri o tarihte olağanüstü yetkilerle donatılan Yüksek Hakem Kurulu tarafından kullanılmaya ve uygulanmaya başlanmıştır.
12 Eylül döneminin en önemli sonuçlarından biri olarak hazırlanan 1982 Anayasasının kabulünden sonra Mayıs 1983 tarihinde yürürlüğe giren 2821 sayılı Sendikalar Kanunu, 2822 sayılı Toplu İş Sözleşmesi Grev ve lokavt Kanunu Sendikalar için yeni bir düzen getirmiştir. Şöyle ki bu yasal düzenlemelerle sendikaların işkolu esasına göre örgütlenmesi ile üye sayısı ve toplu sözleşme yetkisi için iki aşamalı baraj getirilmiştir.Bu yeni kurallar çerçevesinde Akmen ve Tüm Bank-İş’in birleşmesi gündeme gelmiş ve bu karar her iki sendikanın genel kurullarında kabul edilerek Banksis’in fiilen kuruluşu 11.10.1983 tarihinde gerçekleşmiştir.
Banksis’in görüşü kuruluş ve faaliyetlerinin amacı ana tüzüğümüzün ilgili maddesinde “ çalışma ilişkilerinde üyelerinin ekonomik ve sosyal hak ve menfaatlerini korumak ve geliştirmek; üyeleri arasında dayanışma ve yardımlaşmayı sağlamak; üyeleri ve işverenleri arasında menfaat dengesini sağlayıcı iyi ilişkiler kurulmasını ve çalışma barışının korunmasını gerçekleştirmek; toplumsal yasalar ve İş Hukuku mevzuatı çerçevesinde toplu sözleşme düzeni ve iş ilişkilerinin üyesi işçilerle toplum yararına kurulmasını sağlamaktır.” olarak düzenlenmiştir.
12 Eylül’ün getirdiği çalışma yasaları, sendikal haklarda her türlü kısıtlama ve engelleri getirirken;  Milli Güvenlik Konseyi toplu sözleşme hakkımızı doğrudan etkileyen değişikliklere imza atarak bankacılık işkolumuz için grev yasağı getirmiştir.
Bütün bu olumsuz koşullara karşın yukarıdaki amaçları doğrultusunda Banksis toplu iş sözleşmesi düzeninde karşılıklı diyalog ve uzlaşma yanlısı tutumunu başarılarla ve kazanımlarla sürdürerek işkolunun en büyük bağımsız sendikası olmak ayrıcalığını sürekli güçlenerek tescil ettirmiştir.